Status kliniczny klaczy i postępowanie z nią w trakcie rui to czynniki, które oprócz jakości nasienia  mają największy wpływ na wskaźniki zaźrebień. Klacze, które mają być unasieniane powinny być monitorowane pod kontem regularnych i normalnych cykli. U klaczy, u których w przeszłości występowały problemy w rozrodzie powinno wykonać się badanie bakteriologiczne i cytologiczne macicy, a w uzasadnionych przypadkach także badanie histopatologiczne wycinków macicy.

W rozrodzie koni stosuje się od kilkudziesięciu lat technikę sztucznego unasieniania. Do inseminacji klaczy stosuje się nasienie świeże, schłodzone, bądź konserwowane w ciekłym azocie.

Liczba plemników stosowana do sztucznego unasienniania klaczy nasieniem świeżym i schłodzonym została ustalona w latach 70-tych i stosowana jest w rozrodzie jako standard wynosi ok 500 x 10⁶ plemników. Obserwacje kliniczne dowodzą, że taka dawka jest wystarczająca i efektywna dla klaczy. Coraz szersze używanie mrożonego nasienia ogierów, jak i zastosowanie technik seksowania nasienia, wymusiło zredukowanie dawki nasienia stosowanej do inseminacji po to, by zwiększyć wydajność. Dawka dla klaczy inseminowanych nasieniem mrożonym waha się w granicach 200 do 350 milionów plemników. Przeprowadzone badania dostarczyły informacji świadczących o tym, że inseminacja bardzo małymi dawkami nasienia w pobliżu brodawki jajowodu może doprowadzić do zaźrebienia u klaczy. Po opublikowaniu tych danych, przeprowadzonych zostało wiele badań nad metodami inseminacji obniżoną dawką nasienia u klaczy. Badano zarówno metodę histeroskopową, jak i głęboką domaciczną metodę pod kontrolą rektalną z wykorzystaniem zarówno świeżego, schłodzonego, mrożonego, jaki i seksowanego nasienia. Okazało się, że dzięki głębokiemu podawaniu nasienia do macicy klaczy, możemy wielokrotnie zmniejszyć dawkę plemników do poziomu od 1 do 5 milionów w dawce inseminacyjnej.

Jedną z nowszych metod stosowanych w rozrodzie koni jest inseminacja  przy użyciu dawek o obniżonej ilości plemników o ruchu postępowym. W technice tej wykorzystywane może być zarówno świeże, mrożone, jak i seksowane nasienie w stosunkowo niewielkich dawkach w porównaniu do konwencjonalnych metod.

W praktyce klinicznej zachodzą czasem okoliczności, w których wartościowy genetycznie i popularny reproduktor nie jest w stanie dostarczyć wystarczającej ilości nasienia o wymaganej jakości w celu inseminacji przewidzianych dla niego klaczy. Ponadto często zdarza się, że ogier staje się popularny wraz z wiekiem i wówczas zapotrzebowanie na jego nasienie rośnie, a u starszych ogierów nasienie zawiera mniejszą liczbę plemników. Innymi powodami do wykorzystania technik głębokiego podawania nasienia jest ograniczona ilość słomek mrożonego nasienia danego ogiera, jak również wykorzystanie seksowanego nasienia.

Sortownie mrożonego nasienia

 Coraz popularniejszą metodą stosowaną w rozrodzie zwierząt jest sortowanie nasienia metodą cytometrii przepływowej, która daje możliwość rozdzielenia plemników na niosące informacje o płci żeńskiej i męskiej. Możliwość wybrania płci źrebięcia jest dla wielu hodowców bardzo cenna. Dotychczas stosowano tą metodę jedynie do rozdziału nasienia świeżego lub chłodzonego. Pojawiła się jednak potrzeba rozpowszechnienia i transportowania na duże odległości sortowanego nasienia. Podjęto więc próby sortowania, przy użyciu cytometrii przepływowej, nasienia po rozmrożeniu, i mrożenia wcześniej sortowanego nasienia. Efekty łączenia tych dwóch metod dają wskaźnik źrebności u klaczy inseminowanych tak przygotowanym nasieniem na poziomie ok. 30 %. Biorąc jednak pod uwagę kierunek rozwoju przemysłu końskiego mrożonego nasienia, i zapotrzebowanie rynku na sortowane nasienie, jest tylko kwestią czasu kiedy na rynku będzie dostępne dobrej jakości, mrożone, sortowane nasienie czołowych ogierów.    

Różnice w stosowaniu chłodzonego i mrożonego nasienia

 Wady chłodzonego nasienia:

1. Nie wszystkie ogiery produkują ejakulat zdatny do chłodzenia i magazynowania
2. Problem z organizacją nasienia prowadzący do niemożności inseminacji klaczy o czasie
3. Stosunkowo krótka żywotność plemników chłodzonego nasienia (24-48h), co może powodować konieczność wielokrotnego transportu nasienia w czasie jednego cyklu.
4. Ogiery muszą być dostępne i zdrowe przez cały sezon hodowlany, by pozyskiwać od nich nasienie na każde żądanie
5. W wielu przypadkach nasienie jest przygotowywane przez właścicieli a nie profesjonalistów, co prowadzi do ogromnych różnic w jakości chłodzonego nasienia.

Problemy związane z używaniem mrożonego nasienia:

1. W przypadku wielu ogierów mrożone nasienie daje niższą zapładnialność niż nasienie chłodzone
2. W procesie mrożenia nasienia wymaganych jest więcej technicznych ekspertyz niż w procesie schładzania 
3. Koszty transportu mrożonego nasienia są większe niż dla chłodzonego
4. Ze względu na niższą żywotność mrożonego nasienia w drogach rodnych klaczy konieczne są częstsze badania w celu dokładniejszego określenia momentu owulacji.

Korzyści wynikające z inseminacji mrożonym nasieniem:

1. Ogiery nie muszą być dostępne na każde żądanie, co pozwala na starty w zawodach w czasie sezonu rozrodczego
2. Choroby, urazy czy nawet śmierć ogiera nie przeszkadzają w dalszym inseminowaniu klaczy jego nasieniem.
3. Nasienie może być transportowane z wyprzedzeniem, a następnie przechowywane w miejscu pobytu klaczy, aż do optymalnego czasu inseminacji
4. Możliwy jest transport międzynarodowy
5. Proces produkcji mrożonego nasienia przez wyspecjalizowane laboratoria daje efekt w postaci mniejszych różnic jakości niż w przypadku chłodzonego nasienia.